Sekolah Ugama Madewa mula dibangunkan kira-kira dalam bulan Mei tahun 1984 oleh pekerja-pekerja Jabatan Hal Ehwal Ugama dengan dibantu sebahagiannya oleh penuntut-penuntut Sekolah Pertukangan Sultan Saiful Rijal, Jalan Muara.
Pada 4 April 1985 bersamaan dengan 13 Rejab 1405 Hijrah, hari Khamis, kira-kira jam 9.15 pagi, dengan izin Allah, sekolah ini telah mula digunakan dengan majlis bacaan doa selamat yang dihadiri oleh pegawai-pegawai kanan dari Jabatan Hal Ehwal Ugama serta guru-guru dan murid-murid, iaitu terdiri daripada murid-murid yang belajar di Sekolah Ugama Pengiran Anak Puteri Majeedah Nurul Bolkiah.
Sekolah ini pada mulanya diadakan dalam 2 sesi (Sesi Pagi dan Sesi Petang). Guru Besar yang mula bertugas pada masa itu ialah Cikgu Mohammad bin Mohd Zinin (sesi petang).
